Jacek Nawrocki przygodę trenerską rozpoczął od podjęcia pracy w Tomaszowie Mazowieckim, gdzie szkolił miejscową drużyną juniorów Lechii. Pod jego dowództwem młodzieżowa drużyna kilka razy awansowała do finałów mistrzostw kraju.

Od 2001 był drugim trenerem PGE Skry Bełchatów. W latach 2009–2013 pełnił funkcję pierwszego trenera tego zespołu, zastępując dotychczasowego szkoleniowca Daniela Castellaniego – nowo wybranego trenera kadry narodowej – którego był asystentem. Jako pierwszy trener zespołu, Jacek Nawrocki został mistrzem Polski w 2010 i 2011, wicemistrzem w 2012 roku oraz zdobył medale Ligi Mistrzów: brązowy w 2010 i srebrny 2012, Puchar Polski 2010, 2011, 2012. Pod jego wodzą PGE Skra Bełchatów zdobywała również medale Klubowych Mistrzostw Świata: srebrne w 2009 i 2010 i brązowy krążek w 2012 roku.

W latach 2012–2015 Jacek Nawrocki został trenerem Szkoły Mistrzostwa Sportowego w Spale współpracując z kadrą U-19 oraz U-21. Wraz z reprezentacją kadetów zdobył srebrny medal Mistrzostw Europy 2013, brązowy Mistrzostw Świata 2013, złoty Mistrzostw Europy 2015, a z juniorami biało-czerwonych, srebrny medal Mistrzostw Europy 2014.

W kwietniu 2015 roku został nowym selekcjonerem reprezentacji Polski siatkarek, z którymi wywalczył 2. miejsce na Igrzyskach Europejskich 2015 w Baku oraz dotarł do ćwierćfinału Mistrzostw Europy w Piłce Siatkowej Kobiet 2015. Największym sukcesem Jacka Nawrockiego jako trenera polskiej kadry narodowej kobiet, było zajęcie 4. miejsca na Mistrzostwach Europy w Piłce Siatkowej Kobiet 2019. W sezonie 2021/2022 szkoleniowiec zajął stanowisko pierwszego trenera zespołu Grupa Azoty Chemik Police.